Le Parc national des Pyrénées est doté d’un conseil d’administration composé de cinquante deux membres (élus, associations, personnalités qualifiées), au sein duquel la politique de l’établissement est validée et le budget approuvé. Cette instance de débats et d’échanges se réunit trois fois par an. Le conseil d’administration désigne un bureau qui l’assiste dans ses missions, notamment dans la mise en œuvre de la politique dans l’aire d’adhésion, la programmation des crédits d'intervention, etc. Le bureau est composé de seize administrateurs.

Le conseil d’administration règle, par ses délibérations, les affaires de l’établissement. Il donne des avis conformes sur les travaux soumis à autorisation et à étude d’impact qui sont de nature à affecter de façon notable le cœur. En son sein, le conseil élit un président et deux vice-présidents. Il peut consentir des délégations au président, au bureau et au directeur. Son fonctionnement est régi par un règlement intérieur.